Neapolis est située sur la route nord de la Crète et se trouve à 15 km d’Agios Nikolaos et à 50 km d’Héraklion.
L’accès se fait en voiture privée ou en bus longue distance. Les itinéraires sont réguliers toutes les heures dans les deux sens.
Il y a un parking public gratuit à côté du Musée.
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